在(圣塔菲协议)还在扯皮之时，斐迪南的视线就已经暂时从哥伦布身上移开了，他有一件比较棘手的事情摆在眼前。
回到1492年1月5日，当那个花白胡子的宫廷学者被哥伦布气的直翻白眼时，格拉纳达城中，斐迪南正在和伊莎贝拉讨论历史上不久就要实行的异端裁判所对犹太人的迫害。
说实话，从国家整体来看，西班牙的宗教裁判所利大于弊，它远不像后世认为的那么黑暗，黑暗的传闻是新教改革运动时期，新教人士以及被驱逐犹太人对西班牙的污蔑与抨击。这是因为十六世纪新教改革运动没有在西班牙和拉丁美洲取得任何进展，尤其是在西班牙。为什么？因为在伊莎贝拉治下开展的教会改革运动已经在反宗教改革运动开动之前许久就铲除了天主教会的许多最严重的弊端。也就是说，伊莎贝拉在这方面的追求与功绩和新教改革派是一样的，你就算不夸她也不该骂啊。但是屁股决定脑袋，新教改革派和犹太人(后者的指责有一定依据)的利益受损了，我不管你干不干好事，你就是黑暗残忍的宗教统治！说到这里斐迪南又感觉自己的前任给自己丢脸了，历史上，制造冤假错案的大工厂不是卡斯蒂利亚而是阿拉贡，在斐迪南毫无道德原则的贪婪领导下，异端裁判所成为了斐迪南在阿拉贡剥夺所谓异端财产的敛财工具，杀人冤案无数，引得民众不断反对。所幸，也许是不幸，1485年一名宗教法官在祈祷时被一名不堪阿拉贡异端裁判所迫害的改宗犹太人刺杀，被人们视为圣徒。因而阿拉贡主流民意转向支持异端裁判所。
引发争议的是1492年驱逐犹太人和1502年驱逐摩尔人的举措，后者干得漂亮，在欧洲，和平教徒还是越少越好，和平教也不是一无是处，但是还是别跟欧洲本土居民混在一起，后世已经提供了宝贵的反面教材。
但是马上就要发生的1492年3月下令不皈依基督教的犹太人必须离境的事情马上就要发生，这个事情让斐迪南犯了难。1492年以前，公开犹太教信仰的犹太人并未受到迫害，相反许多改宗犹太人受到审查，怀疑他们是否假装皈依(这种情况确实多有存在)，但是改宗犹太人很多都在西班牙财政部门中占据重要地位，高到女王的财政顾问，低至小镇的税吏，不少小镇的税吏全是改宗犹太人，瓜达卢佩城一度有十分之一是改宗犹太人。
犹太人并不足以撼动西班牙的根基，但是！斐迪南担心他们对美洲的殖民地的威胁！历史上，西属美洲殖民地基本上被牢固控制在西班牙政府手中，犹太人影响力不大，但是这一状况的前提是1492年驱逐了卡斯蒂利亚和阿拉贡几乎全部的未皈依犹太人。历史上的驱逐犹太人和摩尔人尽管让西班牙的经济遭受损失，但在伊莎贝拉的角度上，它化解了国内的宗教纷争(当时基督徒与改宗犹太人的矛盾已经显露，国家一度陷入宗教狂热)，塑造了一个宗教统一的国度。宗教宽容并非普遍的概念。西班牙由此形成一个统一的坚强力量，为开拓美洲殖民地打下了坚实的基础。
如果斐迪南只想保守历史上的拉丁美洲，那么他可不在乎犹太人，在南美那帮家伙翻不了天，但是斐迪南最看重的是北美！是美利坚和加拿大！他要征服整个美洲！如果能够占领美国本土全境并将其划为领土，哪怕放弃整个拉美又怎么样！一旦控制了从五大湖到加利福尼亚八百万平方公里的丰饶的美国本土，再配合16世纪西班牙领先世界的军事实力，那就是永远的超级大国！就是永远的！美国本土充当大资源产地、大农场和大牧场和未来的工业基地，伊比利亚半岛提供战略基地和军事力量和人口优势，哪个国家能挑战西班牙呢？何况斐迪南可是要征服整个美洲啊！
可是北美的环境和拉美不同，斐迪南是会吸取历史上英国的教训的，他准备远离欧洲的争战，专心把美洲合并为领土。去北美的肯定是信仰天主教的西班牙人，加上领土化而非殖民地化的政策，他有把握把北美经营成俄罗斯的西伯利亚那样稳固的后方领土，而非不可靠的殖民地。但是犹太人……如果他们进入北美，会不会形成历史上的犹太财团？那样北美地区可就不稳了。
……
不过，仔细回忆犹太人在北美发展的历史，斐迪南明白了，恐怕自己越是把犹太人驱逐到世界各地，被搜刮得贫穷的他们越容易往美洲跑。（详见第十章和第十一章之间的“注”）
更关键的是，斐迪南从后世的资料中明白，犹太人并不是也不可能是西方世界真正的统治者，美利坚真正的霸主是幕后的英裔财团和精英群体。一个没有武力没有资本没有人口基础的民族不可能掌控一个超级大国的经济命脉，某种程度上他们是推到前台的挡箭牌，就像共济会主宰美国的传说一样不靠谱。
而且，犹太人在美国的崛起也不是以西葡犹太人为主导，并且犹太人借助了基础建设和战争的历史机遇，自己可不会给犹太人这样的机会！又回想起西班牙流失的商人工匠还有不小的经济损失，斐迪南对此做出了决定，当然，有一些措施是要采取的。
“伊莎贝拉，我觉得没有必要驱逐犹太人离开西班牙，和平教徒才是威胁卡斯蒂利亚和阿拉贡的主要不稳定因素，既然他们我们都可以容忍，不必这样急于赶走犹太人吧？”格拉纳达在投降时，穆斯林与卡斯蒂利亚达成的条款里有一条，南部未皈依基督教的犹太人必须在三年内皈依，否则必须离开前往北非或者别的什么地方。这个条款是有些奇葩的，伊莎贝拉在对待犹太人和某些所谓异端的问题上有时宽容有时又狠辣，她身边的顾问和神父也态度不一，伊莎贝拉本人的态度也摇摆不定，值得一提的是斐迪南曾经联合三个教士说服她采取一种更加强硬对待异端问题和改宗犹太人的举措。
伊莎贝拉对天主教的信仰是很虔诚的，她曾命令以瓜达卢佩城中没收的100万马拉维迪为朝圣者建造一座医院，自己再出资100万马拉维迪承担此项工程的开支。唉，加起来刚好够哥伦布远航的，你要是不花这笔钱，至于卖首饰吗？
“我知道你可能觉得自己的整个生活方式都受到了威胁，只有最残酷无情的策略才能帮助基督教的卡斯蒂利亚在土耳其人的进攻下生存下来……但是事实上，我们、我们的国家和我们的臣民并没有面临你想象的那么恐怖的威胁，奥斯曼在地中海非常强大，但这种强大是没有前途的，他们的力量还在上升，但即将达到顶点，进而缓缓落下。奥斯曼是旧时代的强大征服者，但是我们，伊比利亚半岛上的基督教国家，正在开辟新航路的葡萄牙和即将抵达新大陆的卡斯蒂利亚，我们正在引领欧洲乃至世界的潮流，我们代表着一个新的时代，时代的力量是强大的，那个本质上属于过去的怪物可以一时击败我们，但终将被我们或者我们的后辈击败！”斐迪南说得有板有眼的，“……如果我们驱逐所有未皈依的犹太人……甚至包括那些从未作恶的妇女、不谙世事的孩童、在贫困中勉强支撑的平民，这是有违基督教的原则和精神的，也是不合主的本意的，即便在教皇冕下的国度，未曾作恶的犹太人也不必遭受这般待遇……事实上最高兴的会是奥斯曼帝国的苏丹，他会派他的舰队来接走被我们驱逐的犹太人，宽容地对待他们，让他们提供给和平教徒更加先进的科学技术，比如印刷机……然后苏丹或许会得意洋洋地给我们写一封信，嘲笑我们损害了自身的利益，却帮助他增强了力量！”
“……亲爱的，你说的有道理……”果然，伊莎贝拉在这方面是有些摇摆不定的，现在她果然有点醒悟过来，也觉得自己的做法不太妥当，宽容又一次占据了上风。
唉，看到伊莎贝拉明显被激起的同情心，斐迪南颇为无奈，接下来新大陆的计划恐怕少不了一番争执了。
先说完犹太人的问题吧！“当然，也不是说就放任他们不管，应当颁布一项法令，未皈依的犹太人，年收入在1万马拉维迪以上的，征收的税率应当逐级提高，应该在50%以上至80%不等！同时禁止未皈依犹太人进入新大陆领地，这一条在哥伦布返回之后补充。未皈依的犹太人不得担任任何行政职务。改宗犹太人如被发现仍然秘密信奉犹太教，应当由异端裁判所施以最高至火刑的处罚。”
“我完全同意。”伊莎贝拉赞同道，看来斐迪南贪财的秉性还是没改。
斐迪南这次可是冤枉，他的主要目的是抑制未来可能出现的犹太资本，确保犹太资本势力永远不能在北美地区发挥重要作用。
“不要直接发布，我们可以这样……”斐迪南把自己的坏主意向妻子和盘托出。
两人一直讨论到深夜。